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常見的滅菌方法有濕熱滅菌法、干熱滅菌法、輻射滅菌法、過濾除菌法和化學滅菌法等。

• 濕熱滅菌法：以高溫高壓水蒸氣為介質，借助水蒸氣的巨大潛力和的穿透力使蛋白質變性或凝固進而造成微生物死亡，是一種在生物實驗室和藥物制劑生產過程中常用的滅菌方法。
• 干熱滅菌法：在干燥環境下借助高溫殺死細菌或芽孢的技術。該法適用于不耐受濕熱環境的物品，如干燥粉末、油脂、器械等。干熱滅菌法所需溫度高，時間較濕熱滅菌法更長。干熱滅菌法不適用于不耐熱材料，如塑料等。
• 輻射滅菌法：利用電離輻射殺死大多數物質上的微生物的一種有效方法。它們可以通過特定的方式控制微生物生長或者殺死微生物。輻射滅菌法適用于無法耐受高溫環境的物品，如在常溫或低溫下進行食品的滅菌處理，在維持食品質量的同時做到無殘留。
• 過濾除菌法：利用物理阻留的方法將液體或空氣的細菌除去，從而達到無菌目的。該方法只適用于液體及氣體的除菌，如細胞培養時給細胞裝置通氣孔連上一個除菌空氣濾器以實現除菌。
• 化學滅菌法：用化學藥品直接作用于微生物而將其殺死的方法，可分為氣體滅菌法和液體滅菌法。氣體滅菌法采用氣體滅菌劑進行滅菌，如臭氧、環氧乙烷等；液體滅菌法采用液體滅菌劑進行滅菌。凡是不適用于物理滅菌的物品都可以采用化學滅菌法。